Departemen dan kementrian keduanya memang dipimpin oleh Menteri. 
Perbedaannya: departemen itu punya semacam cabang atau perpanjangan tangan sampai ke daerah-daerah (kecuali departemen Luar Negeri karena perwakilannya tidak di daerah tapi di luar negeri) namanya menjadi Dinas atau instansi tertentu yang merupakan perwakilan dari pemerintah pusat (departemen) di daerah yang tugasnya adalah menjalankan fungsi-fungi departemen terkait di daerah, sementara “Kementrian” tidak punya perwakilan semacam itu di daerah. Jadi misalnya Departemen Perhubungan ada di pusat, punya perwakilan di daerah yang namanya Dinas Perhubungan. Jadi Kepala Dinas di daerah itu tidak hanya bertanggung jawab terhadap kepala daerahnya (kalau di tingkat II atau Kabupaten/Kota kepala daerahnya Bupati/Walikota, kalau di tingkat I Provinsi kepala daerahnya Gubernur) tapi juga bertanggungjawab terhadap menteri yang merupakan instansi induknya. Sementara Kementrian misalnya Kementrian lingkungan hidup, tidak pernah punya perwakilan di daerah sehingga tidak pernah ada Dinas Lingkungan Hidup. 

Semenjak otonomi daerah, pemerintah pusat tidak punya perwakilan fungsional lagi di daerah, sehingga meskipun kita masih menemukan Dinas Perhubungan, Dinas Pendidikan dan Dinas-dinas lainnya, itu semua tidak lagi merupakan perpanjangan tangan pemerintah pusat seperti dulu sehingga Bapak atau Ibu Kepala Dinas sekarang hanya bertanggungjawab kepada Kepala Daerahnya saja. Nah, karena semua menteri sekarang menjadi sama saja dalam artian hanya berkedudukan di pusat dan tidak punya perwakilan di daerah, maka sekarang semuanya disamakan saja menjadi Kementrian dan istilah Departemen dihilangkan.